FNCA の管理体制は、バンコクにおける第1回FNCA 本会合で合意された。FNCA 本会合は、閣僚級および最上級行政官の参加者からなるものである。 この会合において、原子力技術の平和利用に関する地域協力拡充のための政策課題に関する意見交換がなされる。FNCA の枠組み下のプロジェクトの行動計画は、適宜承認・了承される。

　各国のコーディネーターは、自国におけるFNCA プロジェクトの調整・実施に責任を持つ。その役割は、有効なプロジェクト管理を行うこと、国の計画およびエンド・ユーザーとの連繋、自国の参加するプロジェクトの資金確保、および他の多国間および二国間のメカニズムとの潜在的補完性に対する理解を含む。これには、コーディネーターが権限を有する上級者であることを必要とする。
　コーディネーター会合は、年1回開催され、現行プロジェクトの実施状況をレビューし、新規プロジェクトの創始、プロジェクトの中止、ならびにプロジェクトの明確な方向性の設定を含め、将来計画を討議する。コーディネーター会合の結論および勧告は、行動計画の一部として、承認あるいは確認のためFNCA本会合に提出されるべきである。

　プロジェクトは、明確な目標、マイル・ストーン、時間枠組みならびに作業計画を有する。これには、期待される成果物および可能性のある成果を含む。レビューおよび、それに基づく指示を仰ぐため、全体的なプロジェクト報告をコーディネーター会合で行うべきである。各参加国のプロジェクト･リーダーは、自国におけるプロジェクトの策定、実施に責任を有する。また、他国のプロジェクト･リーダーたちと協力し、プロジェクトの目標達成のため作業する。プロジェクトリーダーは自国のFNCA コーディネーターと定期的に連絡を取る。
　 また、プロジェクト･リーダーは頻繁に連絡を取り合い、また、定期的に、通常年1回面談をして、協力プロジェクトの成果を共有し、効果的な協力と将来計画を確認する。